En 1946, sous le Protectorat de la République Française au maroc, l'Institut des Pêches Maritimes du maroc (IPM) a été créé sous la tutelle du secrétariat d'Etat au Commerce à l'Industrie à l'Artisanat et à la Marine Marchande. Il a été rattaché à l'Institut Scientifique et Technique des Pêches Maritimes (ISTPM) français et à l'Office Français de la Recherche Scientifique et Technique Outre – Mer (ORSTOM) de France. L'IPM est constitué, à la demande du Gouvernement Marocain, par des océanographes détachés de (ORSTOM), auxquels se trouvent adjoints quelques spécialistes recrutés localement. Cet Institut n'a fonctionné qu'à partir de 1951

Les programmes de Recherches portaient sur les courants marins et sur la biologie des espèces. Les plus importants travaux ont été réalisé en ichtyologie, océanographie, sédimentologie, chimie alimentaire, chimie des algues, techniques de pêches etc. En 1969, l’IPM est rattaché à l’Office National des Pêches (ONP) nouvellement créé et prie le nom d’Institut Scientifique des Pêches Maritimes (ISPM). Une nouvelle impulsion est alors donnée à l’ISPM : ses effectifs sont progressivement renforcés par des chercheurs marocains formés principalement de l’Institut Agronomique et Vétérinaire, et ses programmes s’orientent vers une Recherche appliquée destinée à servir le secteur .La mission de l’ISPM consistait à entreprendre des Recherches scientifiques dans les domaines de la biologie, la technologie des pêches et des produits de la pêche.

Le 14 Septembre 1972, un accord portant création d'un projet pour le développement des pêches maritimes a été signé entre le Gouvernement marocain et le Programme des Nations Unies pour le Développement (PNUD). L'organisation des Nations Unies pour l'Alimentation et l'Agriculture (FAO), avec la coopération de l'Office National des pêches (ONP), a été chargée de l'exécution de ce projet qui avait une durée de quatre ans.

A partir de 1973, les programmes PNUD/FAO, mis en place à l’ISPM ont permis de lancer les premiers travaux d’évaluation des ressources et de technologie des produits de la pêche. Cette étape coïncide avec l’adoption par le Maroc d’une zone exclusive de 70 milles marins et la volonté de celui-ci de contrôler ses ressources marines. En 1979, un programme de prospection acoustique systématique a débuté, en vue d' évaluer et contrôler la taille des stocks des poissons pélagiques le long de la côte atlantique du Maroc, avec les efforts conjoints de l'ISPM et de la FAO (Projet PNUD/FAO MOR 78/018 et du fond norvégien de développement NORAD / Projet GCP / MOR / 008 / NOR).

L’institution en 1981, d’une Zone Economique Exclusive (ZEE) de 200 milles au large des côtes marocaines, (donnant au Royaume une souveraineté sur plus d’un million de Km² répartis sur 3.500 Km de façades maritimes), et la création en 1981 d’un ministère chargé des pêches maritimes, a mis en valeur l’importance du patrimoine halieutique marocain. Les droits acquis par le Maroc dans le cadre de la Convention des Nations Unies sur le Droit de la Mer de 1982, à savoir des droits souverains exclusifs aux fins d’exploration, d’exploitation et de gestion des ressources naturelles contenues dans sa ZEE, s’accompagnaient d’une obligation de conservation et de gestion responsable et rationnelle des ressources. La complexité cependant des facteurs et des relations de cause à effets qui régissent la dynamique de ces ressources rend leur gestion difficile. Seule une Recherche scientifique appropriée, dotée d'outils performants, permet d'appréhender la connaissance des ressources comme l'évolution de leur abondance. Elle permet ainsi de donner à l'Administration chargée des pêches, les moyens nécessaires à la planification, la réglementation et la rationalisation de l'exploitation des pêcheries, tout en préservant la qualité de l'environnement marin et sa diversité. Dès lors, un consensus apparaît autour de la nécessité d'ériger la Recherche scientifique au rang d'outil d'aide à la décision en matière des pêches. C'est ainsi que dès 1984, le Ministère des Pêches Maritimes a soutenu la création d'un véritable Institut, disposant de l'autonomie administrative et financière et apportant l'avis scientifique nécessaire à l'élaboration et la mise en œuvre des plans d'exploitation des pêcheries. Etant donné l'importance du secteur halieutique sur les plans de développement économique, social et environnemental, et afin de tenir compte des recommandations émanant des instances internationales auxquelles le maroc a souscrit, une série de mesures ont été prises par les pouvoirs publics. Dans ce cadre est proposée la création en 1996, en remplacement de l'ISPM, de l'Institut National de Recherche Halieutique (INRH), établissement public à caractère scientifique et technique, doté de la personnalité morale et de l'autonomie financière nécessaires à la réalisation des programmes de Recherche par Dahir n° 96-98 du 29 Juillet 1996 et en 1998 du Conseil Supérieur pour la Sauvegarde et l'Exploitation du Patrimoine Halieutique.