Les ressources de petits pélagiques, constituées d’espèces de poissons vivants en surface ou entre les deux eaux (Sardine, Maquereau, Chinchards, Anchois et sardinelles), représentent le principal potentiel halieutique de la ZEE marocaine. La pêche aux petits pélagiques occupe une place importante dans le secteur des pêches au Maroc, de par l’importance et le dynamisme de la flotte qui la pratique, les quantités écoulées dans les différentes filières ravitaillées par les produits de cette pêche et le nombre d’emplois directs et indirects générés. La pêche des petits pélagiques s’étend sur tout le plateau continental marocain, atlantique et méditerranéen. Elle est majoritairement conduite par la flottille nationale, à partir de différents ports du royaume, ainsi que par une flotte étrangère opérant dans le cadre d’affrètements ou d’accords de pêche. La pêcherie de petits pélagiques s’est développée le long de la côte méditerranéenne et atlantique marocaine avec un déplacement historique de la zone de pêche vers le sud au niveau de la façade atlantique. En effet, après une exploitation du stock sardinier Nord (Tanger-El Jadida) durant les années 30, la pêche s’est développée plus au sud et le port de Safi est devenu le premier port sardinier durant les années 70. A partir des années 80, avec l'ouverture des ports de TanTan, de Laâyoune et celui de Tarfaya, la pêcherie s'est déplacée plus au sud faisant de la zone Sidi Ifni – Cap Boujdour (zone B) la principale zone d'activité de la flottille sardinière marocaine. Ce développement a été traduit, notamment à partir des années 90, par un changement au niveau de l'évolution des débarquements, avec une diminution des captures de la sardine au niveau de la zone Nord et de la zone Safi-Sidi Ifni (zone A) et un accroissement continu des prises de la sardine au niveau de la zone B. L’accroissement des captures de la sardine au niveau de la zone B a été accompagné par un changement de la destination de la production, l'industrie de sous-produits a absorbé la grande part des débarquements, destinés avant les années 90 principalement à la conserve.

Au sud de Cap Boujdour (zone C), zone historiquement exploitée par une flotte étrangère, la pêcherie de petits pélagiques nationale a commencé durant les années 80, par des senneurs de grand tonnage (Type Thonapêche) et à partir des années 90 par une flotte sardinière côtière. Ce développement de l’activité dans la zone C est soutenu par l’ouverture du port de Dakhla en 2001 et par l’arrivée de navires modernes qui se sont ajoutés aux senneurs traditionnels et ont appuyé le développement du secteur de la congélation. Par ailleurs des autorisations d’affrètement de navires étrangers (Chalutiers pélagiques congélateurs, senneurs et chalutiers pélagiques de type RSW) sont accordées, à partir de 1997, aux opérateurs de la filière de congélation du poulpe de Dakhla et Lâayoune, dans le cadre du programme d’aide à la reconversion des surcapacités de traitement excédentaires dans cette filière et aussi dans le cadre du développement de la pêcherie nationale de petits pélagiques dans cette zone. Une activité de pêche artisanale a également émergé depuis 2008 ; cette pêche est pratiquée par des barques qui opèrent à partir de sites de pêche de la région sur le maquereau, généralement durant les périodes de fermeture de la pêche au poulpe.

Des potentiels offerts actuellement pour les espèces de petits pélagiques sont disponibles au niveau de la zone située au sud de Cap Bojdour et sont variables selon les stocks. Certaines populations (sardinelles, maquereau, chinchards) font partie des stocks chevauchants exploités aussi bien dans la ZEE marocaine que dans les ZEE des autres pays de la région nord-ouest africaine. La sardine reste l’espèce dominante au Maroc tandis que la disponibilité des autres espèces est variable d’une zone à l’autre et d’une année l’autre.